הליך זה הינו מהותי ביותר למימוש המדיניות, שכן, הוא מגדיר את הצורה ואופן פיתוח המרחב והבינוי בשטח. ההיתר נגזר בעיקרו מהתכנית המפורטת, ומכאן החשיבות בעריכת מסמכי התכנית: הוראות, תשריט ונספחים, באופן ברור ומחייב. בתכניות שלא חלה עליהן חובת הגשת נספח ניהול נגר, אמצעי ניהול הנגר יוצגו במסגרת היתר הבניה או במסגרת תכנית בינוי ופיתוח שתהווה תנאי להיתר הבניה
התיקון המוצע בהוראות פרק המים בתמ"א 1 יצר הבחנה בין שלוש קטגוריות של תכניות, לעניין חובת הגשת נספח ניהול הנגר, והטמעת אמצעי ניהול הנגר בהיתר הבניה שיצא מכוח התכנית:
1. תכנית קטנה (עד 1 דונם): אינה נדרשת בהגשת נספח ניהול נגר, ומחויבת בניהול יעד הנגר. תמהיל אמצעי ניהול הנגר ייקבע ויוצג במסגרת היתר הבניה, ויהיה כפוף לאישור מהנדס הוועדה המקומית. בוועדה מרחבית, אישור התמהיל יהיה לאחר התייעצות עם מהנדס הרשות המקומית
2.תכנית בינונית (1-5 דונם): אינה נדרשת בהגשת נספח ניהול נגר, ומחויבת בניהול יעד הנגר. תמהיל אמצעי ניהול הנגר ייקבע תוך התחשבות בהיבטים הידרולוגים, גאולוגיים, טופוגרפיים, מאפיינים מקומיים וכו' של התכנית וסביבתה. הצגה ופירוט האמצעים יעשה באחד האופנים הבאים:
א. באמצעות היתר בניה- בכפוף לאישור מהנדס הוועדה המקומית. בוועדה מרחבית לאחר התייעצות עם מהנדס הרשות המקומית.
ב. בהוראות התכנית– ייקבע שתנאי למתן היתר בניה יהיה הגשת תכנית בינוי ופיתוח בקנה מידה של 1:500 או בקנ"מ אחר שיקבע ע"י מוסד התכנון. בתכנית הבינוי יוצגו ויפורטו אמצעי ניהול הנגר, בחלוקה למתחמים או מגרשים. תכנית הבינוי תאושר על ידי הוועדה המקומית, ובוועדה מרחבית, לאחר התייעצות עם מהנדס הרשות המקומית.
מוסד תכנון רשאי לשנות את יעד ניהול הנגר בתכנית, לאחר שבחן את מאפייני הניקוז והיסטוריית ההצפות בשטח התכנית, בכפוף לתוספת הנגר הצפויה; תוספת הפיתוח המקודמת והמתוכננת באזור; הנחיות תכנית האב האגנית או תכנית אב עירונית ככל שישנה ואומצה ע"י הועדה המחוזית; ישימות פתרונות ניהול הנגר בשטח התכנית בשל אילוצים הנובעים כתוצאה ממאפיינים גאולוגיים, זיהום קרקע ומים, וכו'; יכולת מערכת הניקוז העירונית לקלוט את עודפי הנגר מהתכנית, (סעיף 7.1.2 בפרק המים בתמ"א 1).
במקרים לחריגים, בתכניות שנמצא שיש בהן צורך בפתרונות ניקוז וניהול נגר, אולם היתכנות היישום של הפתרונות אלו נמוכה, ניתן לבחון מענה מרחבי לניהול נגר, מחוץ לשטח התכנית, ובתנאי שיהיה בו לענות לצרכי הניקוז וניהול הנגר בתכנית. התכנית תקבע שלביות בינוי, ביחס לקידום והקמת הפתרונות כאמור.
מוסד תכנון רשאי לחייב הגשת נספח תכנית שאינה נדרשת, או לפטור באופן חלקי או מלא מהגשת הנספח, לאחר שבחן את מאפייני הניקוז והיסטוריית ההצפות בשטח התכנית והשתכנע כי ביחס לגודל התכנית, לנפח הנגר שמייצרת, ליעד ניהול הנגר שנקבע לה, למאפייני הסביבה ולשינוי המוצע בתכסית, ולנזקי הצפות וסחף הצפויים בשטח התכנית ובמורד באגן בו נמצאת התכנית יש /אין חשיבות בהגשת הנספח או חלקים ממנו. במקרה בו נקבע שאין צורך בהגשת הנספח, אמצעי ניהול הנגר יקבעו בשלב היתר הבניה או במסגרת תכנית הבינוי והפיתוח, (סעיף 7.1.4 בפרק המים).
