נגר הזורם על פני השטח עלול להביא עימו חומרים מזהמים (מוצקים, נוטריינטים, מתכות כבדות ופתוגנים), המצויים בסביבה העירונית בכמויות ובריכוזים גבוהים, ובכך להביא לזיהום של הקרקע ושל מי התהום.
אופי השימוש בקרקע ממנה מגיע הנגר, משפיע על סוג המזהמים וריכוזם במי הנגר. טיהור הנגר משמש אמצעי משלים לפתרונות ניהול הנגר, המאפשר לפרק ולהרחיק את המזהמים טרם העברתם לאמצעי ניהול נגר אחרים.
מרבית המזהמים יגיעו עם גל הנגר הראשון (First Flush), שלאחריו מי הנגר לרוב נקיים יותר. במדינות בהן הגשם מתפרש על פני כל השנה, גל הנגר הראשון מתרחש רק בתחילת עונת הגשמים ולפעמים גם זה לא. בישראל, בה גם במהלך החורף ייתכנו שבועות וחודשים ללא גשם, זיהום מהגל הראשון עלול להתרחש כמה פעמים בעונה.
