בתהליך התכנון, ובתכנון הנגר בפרט, העדיפות היא להתבסס על תנאי הטופוגרפיה הקיימים של הקרקע, עם התערבות מינימלית, ככל הניתן. תכנון נופי מבוסס טופוגרפיה (הפרשי הגובה בין נקודות שונות בשטח), נותן דגש על מיקום השטחים הפתוחים במטרה לייצר שיפועי ניקוז עילי, שיובילו את הנגר למקומות הנמוכים, ויהוו בסיס משלים להטמעת אמצעי ניהול נגר נוספים.
בעיצוב הטופוגרפיה של שטח התכנית, השטחים הנמוכים, ימוקמו באזורי הקרקע המתאימים לחלחול והחדרה. שבילים ומעברים יפותחו במפלס גבוה ממפלס הגינון, עם הסדרת שיפועי ניקוז לגינון. הפרשי הגבהים יתוכננו בשיפוע מינימאלי של 2% (2 ס"מ למטר אורך), ככל הניתן, הנדרש להבטחת ניקוז תקין. בנוסף, תשולב צמחייה בשטח, במטרה לאחוז את האדמה ולמנוע סחף קרקע.
יצירת נקודות נמוכות מגוננות לאיסוף
הכוונת מי הנגר באמצעות עיצוב טופוגרפיה לאיזורים הנמוכים
הכוונת מי הנגר באמצעות עיצוב טופוגרפיה
הכוונת מי הנגר באמצעות עיצוב טופוגרפיה
במקרה בוחן תמ"ל 1001 תל השומר מרכז בא לידי ביטוי עיצוב טופוגרפיה ושיפועים בצורה מצוינת שניתן ללמוד ממנה