תכנון ניהול נגר במרחב חייב להתחיל מלמעלה, מאגן הניקוז, ולאורו יש לתכנן את ניהול הנגר במרחב העירוני המקומי, כאשר התכניות משלימות ומתכתבות בניהן.
לאחר השלמת התכנית האגנית והעירונית, וכנגזרת שלהן, יש לגבש את התפישה ופרקטיקת ניהול הנגר בתכנון המפורט ו/או בהיתר הבניה, וכך לתכנן את היבטי ניהול הנגר באופן המדויק והמותאם ביותר למרחב בו נמצאת התכנית.
ישנה חשיבות גבוהה לכך שגורמי התכנון המקומיים כמו גם המחוזיים, ייקחו חלק בהליך גיבוש התכניות האגניות, וזאת בנוסף לגיבוש התכניות המקומיות לניקוז וניהול מי נגר, ובכך יאמצו ויטמיעו אותן בעבודה השוטפת של עיצוב מדיניות התכנון המקומית, והליכי האישור של התכניות והיתרי בניה.
מאחר שכיום, במרבית שטחי המדינה לא קיים עדיין תכנון אגני ו/או תכנון אב עירוני עדכני לניקוז וניהול נגר, אנו פועלים כעת בתקופת מעבר, בה חלק מהמידע, שאמור היה להיות בידי הרשויות הרלוונטיות, אינו קיים עדיין. לפיכך, בשנים הקרובות, מוטלת על המתכננים ומוסדות התכנון, באמצעות נספח ניהול הנגר, האחריות לעבודה משמעותית יותר, כחלופה להיעדר המידע והנתונים. עם הזמן, יתגבשו ויושלמו התכנון האגני והעירוני, ובכך תתאפשר הטמעה מיטבית של תפישת ניהול הנגר ברמה ארצית, אזורית ומקומית.
אגן הניקוז, הינו מרחב גאוגרפי הנקבע באמצעות קו פרשת המים, והוא גבול טבעי. חוק הניקוז הגדיר בישראל גבולות של 11 רשויות ניקוז ונחלים. האגף לשימור קרקע וניקוז במשרד החקלאות ופיתוח הכפר מקדם בשנים האחרונות בשיתוף עם רשויות הניקוז, עבודה מקיפה, שעניינה הטמעת גישה אגנית משלבת לניהול אגני הניקוז, ומפעיל במסגרת זו ועדת היגוי רחבה. העבודה כוללת, בין היתר, סקירת תכניות אב אגניות בנושא הניקוז ולימוד שלהן לטובת גיבוש המתודולוגיה להכנת תכנית אגנית לניהול סיכוני שיטפונות, בראי הדירקטיבה האירופית (2007).
משרד החקלאות פועל מתוקף עבודה זו, לגיבוש מסגרת כוללת לקידום ועריכת תכניות אב אגניות לניהול סיכוני שיטפונות בפריסה ארצית, שיכללו גם את תכנון האב האגני. חשוב שהליך גיבוש תכניות האב האגניות ייעשה בשיתוף מוסדות התכנון המחוזיים והמקומיים, על מנת להבטיח היכרות ותיאום של התכנית במוסדות התכנון. לאחר גיבוש התכניות, חשוב שהתכנית תידון ותאומץ במוסדות התכנון הנמצאות באגני הניקוז הרלוונטיים.
מבנה תכנית האב האגנית יקבע בהליך בינמשרדי בהובלת משרד החקלאות, כאשר רשויות הניקוז יהיו האחראיות לייזום וקידום התכניות. המטרה העיקרית בהכנת התכנית הינה הסדרת היבטי הניקוז וניהול הנגר בכל שטח האגן, תוך התייחסות להסדרת היבטי אקולוגיה, מקורות זיהום, שימור קרקע, תכנון נופי, שיתוף הקהילה, תרבות ופנאי.
ניהול נגר בתכנית האגנית יתייחס לכלל השטח הפתוח, ע"י הגדרת זיקתו לשטחי היישובים הבנויים והמתוכננים בתחומי האגן. התכנית תכלול מיפוי ומידע נרחב על מנת להציג תמונת מצב תכנונית מעודכנת ורחבה, ככל הניתן. הצגת המצב התכנוני תעשה, בין היתר, באמצעות סקירת אירועי עבר של הצפות וניתוח פיתוח עתידי בפשטי הצפה וברחבי האגן, שעשוי להשפיע על הספיקות במורד. התכניות יכללו גיבוש שכבת פשטי הצפה הצפויים בעתיד תוך התחשבות בפיתוח. בנוסף, יערך סקר סיכונים המטרה לזהות אזורים המועדים להצפות, שידרג את חשיבות השטחים ע"י "תג מחיר" כלכלי לכל אזור שנמצא בסיכון להצפה.
התכנית האגנית תציע חלופות תכנון אגניות להפחתת הסיכונים, כגון שימור רצועת נחל כתשתית טבע הידרולוגית, שמירה על השצ"פים הסמוכים לאזורי פיתוח המסוגלים לקלוט נגר, הקמת מאגרי וויסות, הגדרת אזורי השהייה, תכנון מוצאי ניקוז וכד'.
בנוסף לעדכון גבולות פשטי ההצפה, לכל מקטע נחל תיקבע ספיקת התכן שהאפיק יכול להוביל, ללא גרימת הצפה. את מקטעי הנחל ניתן להגדיר על פי מאפיינים כגון כניסות יובלים או נקזים משמעותיים, שינוי מורפולוגי בערוץ, שינוי בטופוגרפיה או בסוג הקרקע, או לפי גורמים מלאכותיים כגון מאגר, תחנת שאיבה על הנחל וכד'. בנוסף, התכנית תמפה את תתי האגנים ומוצאי הניקוז העירוניים במרחב האגן. המיפוי יכלול את שטח תת האגן ואחוז השטח האטום/ בנוי, ואת המידות והגובה בסיס המוצא, לרבות התייחסות לתכנון מאושר ו/או מקודם שעתיד להוסיף תכסית ו/או נקזים חדשים.
בהתאם לספיקת התכן שנקבעה למקטע הערוץ שאליו מתנקז מוצא הניקוז, ובהתיחסות לגודל תת האגן והשטח הבנוי, תיקבע עבור כל מוצא ניקוז, ספיקת התכן המירבית אותה יהיה רשאי להזרים לערוץ הרלוונטי. הגדרת ספיקות התכן, פשטי ורומי ההצפה כאמור, ייצרו את החיבור בין ניהול הנגר באגן הניקוז, לניהול הנגר במרחב העירוני ויהוו את הבסיס להכנת תכנית האב העירונית.